Majątek Skarbu Państwa, w stosunku do którego uprawnienia właścicielskie wykonuje i którym dysponuje Krajowe Centrum ds. AIDS, obejmuje dobra ruchome, nieruchome oraz wartości niematerialne i prawne a także spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, który jest siedzibą Centrum.
W skład majątku wchodzą następujące składniki:
- Środki trwałe, w tym: część budynku biurowego, sprzęt komputerowy, samochody;
- Wartości niematerialne i prawne;
- Środki obrotowe na rachunkach bankowych Krajowego Centrum oraz w kasie.